| 1 | 緒論 | .... 9 |
| 1.1 | タンパク質配列のアライメント解析 | .... 9 |
| 1.2 | 従来のアライメント解析技術 | .... 15 |
| 1.3 | 本研究の位置付け | .... 27 |
| 2 | 並列シミュレーテッドアニーリングによるアライメント | .... 30 |
| 2.1 | 並列シミュレーテッドアニーリングのアルゴリズム | .... 30 |
| 2.2 | マルチプルアライメントへの適用 | .... 33 |
| 2.3 | 実験と結果 | .... 37 |
| 2.4 | 考察 | .... 45 |
| 3 | 並列反復改善法によるアライメント | .... 49 |
| 3.1 | 反復改善法によるアライメント | .... 49 |
| 3.2 | 反復改善法の並列化 | .... 51 |
| 3.3 | 限定分割法の導入 | .... 58 |
| 3.4 | 考察 | .... 65 |
| 4 | 並列遺伝的アルゴリズムによるアライメント | .... 70 |
| 4.1 | 遺伝的アルゴリズム | .... 70 |
| 4.2 | マルチプルアライメントへの適用 | .... 73 |
| 4.3 | 実験と結果 | .... 77 |
| 4.4 | 考察 | .... 82 |
| 5 | 並列アライメントのワークベンチ | .... 85 |
| 5.1 | 従来のアライメントワークベンチ | .... 85 |
| 5.2 | 本ワークベンチの基本概念 | .... 86 |
| 5.3 | 本ワークベンチの使用法 | .... 88 |
| 5.4 | 考察 | .... 94 |
| 6 | 立体構造を考慮した並列アライメントシステム | .... 97 |
| 6.1 | 立体構造とアライメント | .... 97 |
| 6.2 | ステム構造を考慮したアライメント法 | .... 99 |
| 6.3 | 実験と結果 | .... 102 |
| 6.4 | 考察 | .... 107 |
| 7 | 結論 | .... 110 |
| 7.1 | 研究成果の要約 | .... 110 |
| 7.2 | 将来への展望 | .... 113 |
| 7.3 | 研究成果の公表 | .... 114 |
| 7.4 | 謝辞 | .... 116 |
| End | .... 129 |
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