Contents of Report

[Data of Report]

Report Number:: TR0851
Date of Registration:: 1993.08
English Title:: ***
Japanese Title:: 生物学データのアライメント法に関する解説
English Author:: M.Ishikawa
Japanese:: 石川　幹人
Name of Organization to which author belongs:: ICOT
PDF:: tr0851.pdf

[Contents]

1	文字列のアライメント	.... 2
1.1	アライメントとは何か？	.... 2
1.2	アライメントの利用目的	.... 3
1.3	アライメント手法の開発史	.... 5
2	ペアワイズのアライメント法	.... 5
2.1	グローバルマッチング	.... 6
2.2	ローカルマッチング	.... 8
2.3	マルチプルアライメントへの拡張	.... 9
3	組合せ法によるマルチプルアライメント	.... 10
3.1	逐次組合せ法	.... 10
3.2	ツリーベース組合せ法	.... 12
3.3	組合せ法と系統樹	.... 14
4	反復改善法によるマルチプルアライメント	.... 15
4.1	最良探索反復改善法	.... 16
4.2	ツリーベース反復改善法	.... 18
4.3	遺伝的アルゴリズムの導入	.... 19
5	マルチプルアライメントの精緻化	.... 21
5.1	ルールベース法	.... 22
5.2	シミュレーテッドアニーリング法	.... 22
6	プロファイル	.... 25
6.1	プロファイル解析	.... 25
6.2	隠れマルコフモデル	.... 25
	参考文献	.... 26
	End	.... 30

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