| Abstract | .... 2 | |
| 1 | はじめに | .... 3 |
| 1.1 | タンパク質とアミノ酸配列解析 | .... 3 |
| 1.2 | マルチプルアライメント | .... 3 |
| 2 | 反復改善法 | .... 5 |
| 2.1 | 概要 | .... 5 |
| 2.2 | ダイナミックプログラミングによるアライメント | .... 5 |
| 2.3 | 反復改善法とその問題点 | .... 6 |
| 3 | 並列反復改善法 | .... 7 |
| 3.1 | 試行錯誤過程の並列化 | .... 7 |
| 3.2 | 限定分割法 | .... 8 |
| 3.3 | ツリーベース並列反復改善法 | .... 9 |
| 4 | まとめと考察 | .... 12 |
| 謝辞 | .... 13 | |
| 参考文献 | .... 13 |
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