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[Data of Report]

Report Number:: TR0681
Date of Registration:: 1991.08
English Title:: Protein Sequence Analysis by Parallel Inference Machine
Japanese Title:: 並列推論マシンを用いたタンパク質の配列解析
English Author:: M.Ishikawa,M.Hoshida,M.Hirosawa,T.Toya,K.Onizuka,K.Nitta,M.Kanehira
Japanese:: 石川幹人,星田昌紀,広沢誠,戸谷智之,鬼塚健太郎,新田克己,金久実
Name of Organization to which author belongs:: ICOT,ICOT,ICOT,ICOT,ICOT,ICOT,Kyoto Univ.
PDF:: tr0681.pdf

[Contents]

	概要	.... 2
1	はじめに	.... 3
1.1	遺伝子情報処理	.... 3
1.2	タンパク質と配列解析	.... 3
1.3	マルチプルアライメント	.... 3
2	並列3次元ダイナミックプログラミング法	.... 4
2.1	概要	.... 4
2.2	ダイナミックプログラミングによるアライメント	.... 5
2.3	並列3次元DPの実装	.... 6
2.4	結果	.... 7
3	並列シミュレーテッドアニーリング法	.... 7
3.1	概要	.... 7
3.2	シミュレーテッドアニーリングの基本アルゴリズム	.... 7
3.3	シミュレーテッドアニーリングの並列化	.... 8
3.4	マルチプルアライメントへの適用	.... 8
3.5	結果	.... 9
4	トーナメント方式	.... 9
4.1	概要	.... 9
4.2	トーナメントの決め方	.... 9
4.3	祖先配列の求め方	.... 10
4.4	マルチプルアライメントの求め方	.... 11
5	3つのアライメントシステムの比較	.... 12
6	統合アライメントシステム	.... 13
6.1	概要	.... 13
6.2	統合システムの処理方式	.... 13
6.3	統合システムの処理結果	.... 14
7	おわりに	.... 14
	謝辞	.... 15
	参考文献	.... 15

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